En el área Schengen, en la mayoría de los aeropuertos (por lo que sé, todos los aeropuertos por los que uno podría transitar), hay una zona aeroportuaria Schengen distinta y una zona internacional.
Como regla general, se cruza la frontera fuera de Schengen sólo si es necesario. Si tu origen y destino están fuera del área Schengen, si te quedas en la zona internacional del aeropuerto, no necesitas cruzar la frontera y por lo tanto no necesitas un visado.
Si quieres ir a la ciudad para un descanso turístico en tu viaje, debes comprobar la política exacta del país en cuanto al visado de tránsito. Varios ofrecen esta opción. La respuesta dada por @Paul Raftery te da los detalles para Suiza.
Si tu destino final está en el área Schengen, debes cruzar la frontera hacia Schengen en el primer aeropuerto en el que vueles .
NOTA: La respuesta se movió de Tránsito a través de Estocolmo (Schengen) de Beijing a Ucrania? para tener una respuesta genérica de tránsito Schengen.
EDICIÓN : Los ciudadanos de unos pocos países necesitan un visado de tránsito en el aeropuerto, mira esta otra respuesta para detalles sobre el visado de tránsito alemán.