He usado cajas de cartón como equipaje facturado varias veces, incluso para transportar ordenadores de sobremesa dos veces.
Lo más probable es que la aerolínea te haga firmar una renuncia a que aceptes toda la responsabilidad por cualquier daño, pero por lo demás no tendrás problemas siempre que esté dentro de las pautas de peso permitidas (que si es sólo un ordenador, lo será).
No me molesté con ningún acolchado extraetc, sobre la base de que la espuma original de la caja encajaba perfectamente con el ordenador. Me propuse envolver el ordenador completamente en plástico (por ejemplo, las bolsas de plástico en las que normalmente vienen, o algo similar) y luego sellar la bolsa con cinta adhesiva en un esfuerzo por hacerla algo impermeable - obviamente no lo suficiente para que pueda soportar ser sumergido en el agua, pero sí lo suficiente para que sobreviva a la lluvia mientras están cargando-descargando el avión.
Pegatinas frágiles ciertamente no harán daño - De hecho uso cinta “frágil” que puedes conseguir en Office Depot o similar y sólo la paso alrededor de la caja unas cuantas veces.
Si es posible, trata de escoger vuelos que estén en un avión de fuselaje ancho (747, A340, etc.) ya que la carga en ellos se trata generalmente un poco mejor que en un avión de fuselaje estrecho donde se carga manualmente en la bodega, en lugar de ser cargada en cajas.
Y recuerde que en el aeropuerto de destino probablemente tendrá que ir a la zona de equipaje “sobredimensionado” para recogerlo en lugar de llevarlo en la cinta de equipaje normal.
Actualización: Una vez más viajé con una caja facturada de los EE.UU. a Australia justo antes de Navidad. En esta ocasión la caja fue abierta por la TSA para un control de seguridad - sin embargo me alegra decir que hicieron un excelente trabajo abriendo y volviendo a cerrar la caja. Aparte de la nota que pusieron en la caja y la frágil cinta que obviamente se cortó, no había otra indicación de que había sido abierta. Todo seguía empacado exactamente como lo había dejado, y habían sellado la caja tan bien como yo.