tl;dr: No puedes
Generalmente las compañías de alquiler de EE.UU. no tienen la opción de seleccionar el tipo de transmisión, porque no ofrecen nada más que automático.
Los únicos coches de las compañías de alquiler más populares que tendrían alguna posibilidad de tener transmisión manual, serían coches deportivos de alta gama. Y aún así, esa posibilidad es mínima o nula. Por ejemplo, en Hertz tienes “colección de adrenalina” con coches como Mustang GT Premium o Corvette Stingray y todavía sólo tienen la opción de transmisión automática. Incluso tienen coches deportivos europeos como el BMW M5 o el Porsche Cayman, también sólo automático.
La única manera de conseguir un alquiler con manual, sería usar uno de los alquileres entre pares y elegir la categoría “coches exóticos” o similar. Pero incluso con estos no he visto mucha oferta de transmisión manual (prácticamente ninguna).