¿Qué significa el "número de secuencia" en una tarjeta de embarque de un avión?

Es el orden en el que se registró en el segmento de vuelo. La primera persona que se registre obtendrá la secuencia 001, y luego la última persona que se registre.

Eso no significa que sea el mismo orden en el que obtuvo su tarjeta de embarque, aunque en la mayoría de los casos recibirá una tarjeta de embarque al mismo tiempo que se registre.

Si obtiene otra tarjeta de embarque tendrá el mismo número de secuencia (a menos que por alguna razón haya sido descargada del vuelo mientras tanto), incluso si fue impresa por otra aerolínea.

Algunas personas intentan obtener competitivamente el número de secuencia 001. Supongo que todo el mundo necesita tener un hobby. [En algunos casos es relevante, por ejemplo durante un tiempo British Airways priorizó los ascensos de clase de quien se registró primero (entre otras consideraciones), y United Airlines lo utiliza como desempate si dos personas tienen una precedencia equivalente para un ascenso de clase automático]

El sistema de reservas por ordenador del Apollo no utiliza números de secuencia.